На Вашем месте лучше всего взять и перекрыть повреждённые участки кровли, предварительно положив под них гидроизоляцию, которой, я уверен, там точно нет. Вариант с герметиком очень недолговечен, а при наступлении морозов герметик потеряет свои качества и Вы снова вернетесь к тому, с чего начали. В идеальном варианте стоило бы положить гидроизоляцию под всю кровлю ( лучше, чтобы это делал специалист), чтобы избежать подобных проблем в дальнейшем. Не забудьте осмотреть конструкцию крыши на наличие повреждённых водой элементов, потому что если дерево начало подгнивать, то этот процесс уже необратим.