Конечно в обычной жизни для каждого человека данные слова являются синонимами, но если говорить профессионально, то кровля и крыша - это разные вещи.
Если говорить понятно, то кровля - это часть крыши занимающая самый верх, к примеру - черепица, металлические листы. А крыша, как уже подметили выше, это - всё, что находится над последним этажом.