Причиной застаивания воды может быть нарушение разуклонки. Нужно демонтировать водоизоляционный слой кровли. Сделать новый слой теплоизоляции. Обязательно уложить его с уклоном к воронкам. Выполнить стяжку, огрунтовать. Уложить водоизоляционный слой.