Для деревянных потолков абсолютно нет никакого смысла применять шпатлевку. Разве что там очень большие сколы и выщербы. Красить можно либо масляными составами, либо аркиловыми. Есть еще вариант использования бесцветных пропиток. Все зависит от эстетического состояния потолка. Если выполнена вагонка, то я бы ее пропитал, чтобы подчеркнуть фактуру древесины.