Скорее всего трещины в бесшовном полу появились из-за температурно-усадочных деформаций подстилающего слоя. Я бы пока не торопился заделывать эти трещины, а понаблюдал бы за ними около года. Если больше не раскрылись, то заделывал бы тем же составом, что и устраивалось бесшовное покрытие. Если будут раскрываться, то нужно либо ждать еще либо обращаться к специалистам.