Насколько я понял суть вопроса, достаточно изъять 30 см грунта со дна колодца и насыпать столько же по высоте мытой речной гальки. Можно даже обычного гранитного отсева, щебня. По идее, этот слой надо менять регулярно, это называется чисткой колодца.