Изменения в проект можно вносить на любом этапе, вплоть до этапа авторского надзора. Вопрос только в том, что приняв проект вы приняли и работу проектного коллектива, а это значит- заказанную и оплаченную вами работу они сделали сполна. Любое изменение проекта после его приёмки оплачивается отдельно. Причём незначительная, казалось бы, деталь может вызвать настолько сильное изменение проекта, что иногда дешевле заказать проектирование по новой.