Можно попробовать вывести такие пятна медным купоросом или специальными смывками. Я обычно делаю так- грунтую потолок олифой и закрашиваю это место в два-три слоя белой масляной краской. При таком подходе пятна не проступят. Если просто за шпатлевать поверху- есть шанс, что они проступят через шпатлёвку. А масляная краска даёт непроницаемую плёнку.