Конденсат, при пустой системе, может привести к проблемам, только с электричеством, если таковое имеет место, на этом участке. За сами трубы можно быть спокойным, а вот разобратся от чего он появляется - отнюдь не мешало бы. Конденсат появляется в месте разницы температур, на металлических поверхностях. Может над унитазом, где нибудь есть металлический бак? Или это сливной бачек старого образца?