Ну конечно же и у того и другого строения есть и фундамент и стены и крыша, а в остальном очень много отличий. Многоэтажный дом значительно сложнее спроектировать чем малоэтажный коттедж. Начинай от расчетов нагрузки на фундамент, проекта сложных коммуникаций, мест общественного пользования, привязки строения к местности и т.д. Так что отличий достаточно.