А почему вал плодородной почвы надо было засадить бобовыми, а на первый год после стройки белым клевером? В этом есть какой смысл или это вы сами просто так решили использовать имеющуюся землю?
Честно говоря, при строительстве нового дома на уже существующем ухоженном участке довольно проблематично сохранить порядок и чистоту. Поэтому мой вам совет - готовьтесь к тому, что придется восстанавливать участок. Сами деревья могут и не пострадать, но вот плодородный слой сохранить - очень проблематично.