Не соглашусь, что можно оставить все слои рубероида, кроме самого верхнего слоя, так все ниже расположенные слои уже напитались влагой и просушить - это огромная проблема, для этого необходимо раскрыть верхний слой и что бы кровля несколько дней жарилась на солнышке при жаре.
Так что я бы тоже снял все слои, посмотрел, что там с перекрытием, если надо, что-то восстановил и потом новый кровельный ковер выполнил