Да в самом деле, если лаги прогнили или же их побил шашель, то лучше всего их убрать вообще, просто выкинув.
А то вот эти все манипуляции с заменой, только мороки будет больше.
Я лично за то что бы залить бетонные полы, в таком случае можно утеплиться отлично и мало того можно в стяжку вмонтировать теплые полы.
А то если дерево обратно ставить, то придется делать вентиляционные решетки, в полу, чтобы проветривался подпол, и утеплитель дышал.