На самом деле ваша ситуация как раз-таки почти стандартная, ведь в современном строительстве уже довольно режко встречаются здания строго прямоугольной формы, очень часто возводятся строения Г-образной и Т-образной формы и особенно часто в домах делают всяческие ниши и выступающие части. Но в любом случае, какой бы сложной не была форма будущего фундамента, её разметку начинают с разметки прямоугольника, а уже от него идут дальше, добавляя нужные формы. В любом случае лучше не полагаться на глазок, а сначала сделать точный чертеж в уменьшенном масштабе, а затем снять с чертежа опорный точки контура и ориентируясь на чертеж, производить разметку.