Ржавые пятна на потолке могут быть действительно следами от арматуры. С этими пятнами не так уж и легко справиться, но наберитесь терпения  если пятна не отмываются (вы кстати пробовали их просто отмыть? Иногда это помогает))), то вы можете взять обычную эмаль, которой красят, например, батареи и каждое пятно аккуратно закрасить эмалью. Это конечно процесс муторный и долгий, но зато эффективный. Дальше действуете стандартно: хорошо прогрунтовываете потолок, желательно даже дважды и ждете, когда грунтовка засохнет. Затем хорошенько зашкуриваете, грунтуете специальной грунтовкой и аккуратно шпатлюете.