Такая проблема случается, особенно когда сверху на затирку не нанесена антиплесень. Решить вашу проблему можно так: вышкурить старую затирку (но это получится сделать аккуратно только если ваша плитка прочно держится). Сделать эту процедуру можно жестким шпателем или наждачкой, только делайте очень аккуратно, чтобы не повредить плитку (чтобы на ней не появились сколы или царапины от вашей переделки). Затем купите затирку потемнее и заделайте ею швы заново, только не забудьте обработать покрытием, предотвращающим появление плесени. Если этого не сделать, затирка со временем опять потемнеет! Удачи!