А чем собственно вам мешает вода на плоской кровле? Если кровля правильно выполнена, то вам не о чем беспокоится. Она сама испариться и все проблемы решены. А вот если вы решите сейчас тронуть эту кровлю и участками ее переделывать, то это намного хуже. после таких операций очень велика вероятность того, кто кровля потечет.