Скорее всего у вас не правильно выполнена рулонная кровля. Самое главное, если нет явных повреждений рулонного ковра , то вода все равно куда-то проникает и это могут быть примыкания к вентиляционным каналам, трубам вентиляции от канализации, от антенн, установленных на кровле. Поэтому вода затекает совсем немного во все плохо приклеенные места и потом ищет слабые места и под каким-то уклоном протекает к вам в квартиру.