Вы определяете то, что застаивается вода только по запаху? Кстати неприятный запах вызывают как раз бактерии, которые размножаются в воде, только они не переносят горячей температуры. Попробуйте несколько раз прогнать воду через бойлер, необязательно ее при этом нагревать до максимума, и посмотреть есть ли запах? если нет, то дело действительно в застое, как вариант подключить к бойлеру что-либо, к примеру полотенцесушитель и систему прогона воды. Чтобы вода не застаивалась, а постоянно циркулировала. Вот и большой минус установки бойлера, если им не пользоваться постоянно. Либо регулярно меняйте воду, не нагревая ее до максимума, хотя бы раз в сутки.