Да уж, сумасшедший "пирог". Причина гниения - и рубероид, и пенопласт... У Вас образовался парник, который способствует напрямую образованию постоянного конденсата, что привело к образованию парникового эффекта и просто идеальной среды для грибка и прочей плесени. Вариант один из двух - лиюо полностью демонтировать кровлю, остави в стропила, либо попробовать изъяв старый теплоизол, пенопласт и по максимуму - рубероид, а далее обработать стропила, и начисто переделать пароизоляцию, утепление и гидроизоляцию.