При устройстве кладки швы должны быть заполнены полностью, иначе не избежать мостика холода в местах пустошовки. Через них будет попадать не только влага, но и задувать ветер. Вообще изначально планируют выполнять чистовую кладку или под облицовку. Чистовая кладка выполняется под расшивку, ну а под облицовку уж как придется. Но и в том и в том случае швы должны быть заполнены равномерно. Если случилась ситуация с пустыми швами, я вам рекомендую выполнить зачеканку пустых швов ремонтным составом на расширяющемся цементе.