Постараюсь ответить на ваш вопрос, так как я сам когда-то думал об этом во время сборки моей мебели. Во первых лучше сразу подобрать саморезы именно под толщину стенок вашей мебели.
Во вторых сперва нужно качественно всё измерить и определить что куда вкручивать и под каким углом. Можно просто напросто не до конца вкручивать саморезы, а торчащие головки заклеивать пластелином (на случай если саморез находиться в невидимой части) А торчащие концы саморезов аккуратно забить молоточком во внутрь, самый просто вариант.